Agencja wykonawcza, która uzyskała na koniec roku finansową nadwyżkę będzie zobowiązana do tego, by odprowadzić ją do budżetu. Trzeba jednak wiedzieć jakie są dokładne zasady, gdy chodzi o pojawienie się nadwyżek finansowych. Zgodnie z przepisami prawa agencja wykonawcza to państwowa osoba prawna, która jest tworzona na podstawie odrębnej ustawy, która będzie miała za zadanie realizować zadania, które należą do Państwa. Dla zapewnienia jednolitej organizacji w drodze Rozporządzenia Rada Ministrów będzie określała wymogi i statut takich agencji.
Podstawą działania powinien być także roczny plan finansowy, który musi być zatwierdzony przez ministra, który sprawuje nad nią nadzór. Do agencji wykonawczych należą: Agencja Mienia Wojskowego Wojskowa Agencja Mieszkaniowa Agencja Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa Agencja Rynku Rolnego Agencja Nieruchomości Rolnych Narodowe Centrum Nauki Narodowe Centrum Badań i Rozwoju Centralny Ośrodek Badania Odmian Roślin Uprawnych Agencja Rezerw Materiałowych Polska Agencja Rozwoju Przedsiębiorczości. Nadwyżka środków finansowych Agencja wykonawcza zobowiązana będzie na mocy ustawy wpłacać corocznie do budżetu Państwa na bieżący rachunek państwowej jednostki budżetowej, która obsługiwać będzie nadzór nad tą agencją. Nadwyżka ustalona na koniec roku musi być zawsze tej jednostce zwrócona. Przekazuje się oczywiście po wykonaniu wszystkich zobowiązań, które wynikają z przygotowanych sprawozdań i określają zobowiązania jednostki. W szczególnych przypadkach może również się tak stać, że na wniosek ministra, który sprawuje nad daną agencją nadzór nie będzie trzeba wpłacać tej nadwyżki, ponieważ pozostawiona ona będzie na dalsze działania agencji i jej potrzeby. Rozliczenia i ewidencja księgowa VAT w jednostkach budżetowych W ramach oparcia o ustawową delegację nadzór nad agencją powinien być ustalony przez Ministra Finansów, który musi także określić jak będą ustalane nadwyżki biorąc pod uwagę, że trzeba takiej agencji zapewnić zawsze ciągłość działania i dokonywania niezbędnych inwestycji, które związane są z wykonywaniem zadań Państwa, które zlecone zostały właśnie tej agencji. Sprawozdanie finansowe agencji wykonawczej Taka agencja w związku z tym, że jest to Państwowa osoba prawna będzie zobowiązana do prowadzenia ksiąg rachunkowych i musi sporządzać sprawozdania finansowe, które powinny być przygotowane zgodnie z przepisami ustawy o rachunkowości.
Z uwagi na to, że nadwyżka jest ustalana dopiero na koniec roku to w świetle przepisów o rachunkowości można by ją potraktować jako obciążenie wyniki finansowego i przekazywać w sprawozdaniu finansowym w pozycji P, gdzie mamy określony rachunek zysków oraz strat lub też w pozycji M, gdzie mamy natomiast rachunek zysków i strat w wariancie porównawczym a nie kalkulacyjnym. Oczywiście chodzi tutaj o jednostki Państwowe, dlatego można oczekiwać, że te kwestie będą dobrze zaplanowane i rzeczywiście uszczegółowione w należyty sposób. W ten sposób finansowe działanie agencji wykonawczych nie będzie problemem.
